پدرش مظفرالدین شاه و مادرش تاج الملوک دختر میرزاتقی خان امیرکبیر و عزت الدوله (خواهر ناصرالدین شاه و دختر مهداعلی) و پس از تولد محمدعلی میرزا ملقب به ام القاب شد. -خاکان.پس از ترور ناصرالدین شاه و تاجگذاری مظفرالدین شاه والی آذربایجان شد.
پس از مرگ مظفرالدین شاه در سال 1285 به تهران دعوت شد و با نام محمد علیشاه بر تخت سلطنت نشست.
پس از تسلط مشروطه خواهان بر کشور و فرار شاه به روسیه، مجلس پسرش شاهی را منصوب کرد و حتی ماهانه به محمدعلی میرزا کمک هزینه پرداخت کرد. با همه این اوصاف محمدعلی میرزا کمی کوچکتر به فکر بازگشت دوباره به شاهی افتاد و با کمک روس و ارتشی که فراهم کرد به ایران تاخت، اما به سختی شکست خورد و آن پول ماهانه را از دست داد. در سال 1344 هجری شمسی در بندر ساوونای ایتالیا در تبعید رخ داد و در کربلا به خاک سپرده شد.