وی در حدود سال 1297 هجری قمری به مشهد رفت و پس از حدود هشت سال زندگی در مشهد ، برای تکمیل حوزه علمیه خود به نجف اشرف و حوزه علمیه آن شهر رفت. آیات عظام محمد حسین نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی از جمله اساتیدی بودند که در این دوره سیدجواد در درس های آنها شرکت می کرد.
حاج صیاد جواد پس از چندین سال حضور در آیت الله نائینی ، اجازه روایت و اجتهاد از وی را گرفت و شش سال بعد به مشهد بازگشت.
تصویر منتشر شده نسخه ای از اجازه آیت الله نائینی برای اجتهاد و روایتی از آیت الله های سید جواد خامنه ای است که توسط آیت الله عبدالکریم حائری شیرازی تأیید شده است.
216219